Kullanıcı bilgilerini güvenli bir şekilde saklamak için firmalar uzun bir süredir çift aşamalı kimlik doğrulama sistemini kullanıyordu. Şimdi bu kervana geç de olsa WhatsApp da katılmak için kolları sıvadı. WhatsApp'ın Beta sürümünde ortaya çıkan özelliğe göre; çift aşamalı kimlik doğrulama sistemi, diğerlerine göre biraz farklı çalışacak.  WhatsApp'taki çift aşamalı kimlik doğrulama sisteminde; kullanıcılar 6 haneli bir şifre belirleyecek. Bu şifrenin yanında bir de e-mail adreslerini sisteme eklemeleri gerekecek. WhatsApp kullanıcıları eğer telefon değiştirirse bu güvenlik kodunu yeni telefonlarında girmek zorunda kalacak. Güvenlik kodunu unutan kullanıcılar ise sisteme kayıtlı olan e-mail adreslerine şifre sıfırlama isteği gönderebilecek.

Bu özellik WhatsApp'a geldikten sonra kullanıcıların Ayarlar>Çift aşamalı kimlik doğrulama bölümünden bu özelliği etkinleştirmesi gerekecek. Yeni WhatsApp kullanıcılarına ise bu özellik zorunlu tutulacak ve üye olurken bu bilgiler istenecek.